Fábio Telles, profissional conhecido da comunidade brasileira de PostgreSQL, escreveu um interessante artigo sobre otimização de DB sob a ótica de armazenamento físico dos dados. Mesmo sendo sobre Postgres, as informações ali contidas podem ser adaptadas/aplicadas para outros DB.
http://www.midstorm.org/~telles/2008/07/25/postgresql-discos-cia/
